Szkoła Podstawowa nr 3 w Myślenicach została wybudowana i oddana do użytku dnia 1 września 1984 roku.

Cały budynek zgodnie z projektem wraz z salą gimnastyczną i świetlicą wykończono w 1986 r.

Dzięki temu, że posiadała pod koniec lat osiemdziesiątych, najlepsze zaplecze sportowe w Myślenicach, miała charakter szkoły sportowej. Sport wymaga samodyscypliny i poświęcenia. Pomaga w kształtowaniu charakteru. Obecnie oddziały sportowe prowadzone są już od klasy pierwszej.

Naukę w niej rozpoczęło wówczas 1100 uczniów, których uczyło 80 nauczycieli.

Pierwszym dyrektorem nowej szkoły powstałej na Osiedlu Tysiąclecia był mgr Tadeusz Pilch. W latach 1997 do 2006 funkcję dyrektora objął mgr Jan Szpakiewicz. Od roku 2006 dyrektorem szkoły była mgr Maria Mikołajczyk. W roku szkolnym 2021/22 p. Renata Skuza była osobą pełniącą obowiązki dyrektora szkoły.  

Od początku funkcjonowania szkoły wiele uwagi poświęcano wysokiemu poziomowi nauczania oraz aktywnemu uczestnictwu w życiu środowiska i miasta. W szóstym roku pracy  podjęto działania o nadanie szkole imienia. Uchwałą Rady Pedagogicznej z 11 stycznia 1990 roku zaakceptowano wniosek o nadaniu szkole imienia Jana Pawła II.

13 października 1990 r. to historyczna data w dziejach szkoły. W obecności księdza Kardynała Franciszka Macharskiego Metropolity Krakowskiego oraz Nuncjusza Apostolskiego w Polsce księdza Arcybiskupa Józefa Kowalczyka nadano Szkole Podstawowej nr 3 w Myślenicach zaszczytne imię Jana Pawła II.

Co dwa lata istniała możliwość spotkania się podczas indywidualnych audiencji z Ojcem Świętym w czasie wyjazdów uczniów, rodziców i nauczycieli do Watykanu. Szkoła dysponuje bogatą korespondencją z Watykanem, w której zawarte są słowa kierowane do Jana Pawła II oraz listy przychodzące ze Stolicy Piotrowej do szkoły. Szkoła należy do Rodziny Szkół noszących imię Jana Pawła II. 

Reforma z 2017 r. w tę placówkę sąsiadujące przez ścianę Gimnazjum nr 2 im. JP II.