Szkoła Podstawowa nr 3 w Myślenicach została wybudowana i oddana do użytku dnia 1 września 1984 roku. Cały budynek zgodnie z projektem wraz z salą gimnastyczną i świetlicą wykończono w 1986 r. Dzięki temu, że posiadała pod koniec lat osiemdziesiątych, najlepsze zaplecze sportowe w Myślenicach, miała charakter szkoły sportowej. Naukę w niej rozpoczęło wówczas 1100 uczniów, których uczyło 80 nauczycieli. Pierwszym dyrektorem nowej szkoły powstałej na Osiedlu Tysiąclecia był mgr Tadeusz Pilch. W latach 1997 do 2006 funkcję dyrektora objął mgr Jan Szpakiewicz. Od roku 2006 dyrektorem szkoły jest mgr Maria Mikołajczyk. 

Od początku funkcjonowania szkoły wiele uwagi poświęcano wysokiemu poziomowi nauczania oraz aktywnemu uczestnictwu w życiu środowiska i miasta. W szóstym roku pracy  podjęto działania o nadanie szkole imienia. Uchwałą Rady Pedagogicznej z 11 stycznia 1990 roku zaakceptowano wniosek o nadaniu szkole imienia Jana Pawła II.

13 października 1990 r. to historyczna data w dziejach szkoły. W obecności księdza Kardynała Franciszka Macharskiego Metropolity Krakowskiego oraz Nuncjusza Apostolskiego w Polsce księdza Arcybiskupa Józefa Kowalczyka nadano Szkole Podstawowej nr 3 w Myślenicach zaszczytne imię Jana Pawła II.

Dnia 1 czerwca 1996 roku w szkole odbyła się Ogólnopolska Inauguracja Tygodnia Sportu i Młodzieży. Uczniowie mieli i mają możliwość rozwijania swoich predyspozycji sportowych od początku pracy szkoły. Sport wymaga samodyscypliny i poświęcenia. To pomaga w kształtowaniu charakteru. Obecnie organizowane są zajęcia sportowe o profilu: piłka siatkowa, piłka nożna i pływanie.

Tradycją szkoły były wyjazdy uczniów, rodziców, nauczycieli z wizytą do Patrona szkoły Jana Pawła II do Watykanu. Co dwa lata istniała możliwość spotkania się podczas indywidualnych audiencji z Ojcem Świętym. Szkoła dysponuje bogatą korespondencją z Watykanem, w której zawarte są słowa kierowane do Jana Pawła II oraz listy przychodzące ze Stolicy Piotrowej do szkoły. Podczas pielgrzymek Ojca Świętego do Ojczyzny społeczność szkolna towarzyszyła Patronowi w niemal wszystkich miejscach Jego wizyt.  W kwietniu 2005 roku, gdy świat obiegła smutna wieść o odejściu do Domu Ojca Jana Pawła II, przedstawiciele szkoły wraz z innymi mieszkańcami Myślenic uczestniczyli w Watykanie w uroczystościach pogrzebowych ukochanego Patrona, Wielkiego Polaka. Szkołę licznie reprezentowali przedstawiciele w czasie beatyfikacji 1 maja 2011 r. oraz podczas uroczystości kanonizacyjnych w Watykanie 27 kwietnia 2014 roku.

Szkoła należy do Rodziny Szkół noszących imię Jana Pawła II. Reforma z 2017 włączyła w tę placówkę także sąsiadujące przez ścianę Gimnazjum nr 2 im. JP II.