Szkoła Podstawowa nr 3 w Myślenicach została wybudowana i oddana do użytku dnia 1 września 1984 roku. Cały budynek zgodnie z projektem wraz z salą gimnastyczną i świetlicą wykończono w 1986 r. Dzięki temu, że posiadała pod koniec lat osiemdziesiątych, najlepsze zaplecze sportowe w Myślenicach, miała charakter szkoły sportowej. Naukę w niej rozpoczęło wówczas 1100 uczniów, których uczyło 80 nauczycieli.

Pierwszym dyrektorem nowej szkoły powstałej na Osiedlu Tysiąclecia był mgr Tadeusz Pilch. W latach 1997 do 2006 funkcję dyrektora objął mgr Jan Szpakiewicz. Od roku 2006 dyrektorem szkoły jest mgr Maria Mikołajczyk. 

Tradycją szkoły były wyjazdy uczniów, rodziców, nauczycieli z wizytą do Patrona szkoły Jana Pawła II do Watykanu. Co dwa lata istniała możliwość spotkania się podczas indywidualnych audiencji z Ojcem Świętym.

SP3 należy do Rodziny Szkół noszących imię Jana Pawła II. Reforma z 2017 włączyła w tę placówkę także sąsiadujące przez ścianę Gimnazjum nr 2 im. JP II